Maskapai ini didirikan pada tahun 2003, meluncurkan penerbangan komersil perdananya pada 23 Juni 2003 dengan rute Jakarta-Jayapura. Semula bernama Express Air, pada tahun 2012 maskapai ini mengubah brand name menjadi Xpress Air.
Di masa-masa awal operasinya, Xpress Air hanya menggunakan 2 armada pesawat Boeing 737-200, dan terbang ke kota-kota destinasi di timur Indonesia, seperti Makassar, Sorong, Ternate, Jayapura dan Manokwari. Kini, armada Xpress Air diperkuat dengan Boeing 737-200, Boeing 737-300, Boeing 737-500, Dornier 328-100 dan Dornier 328-300 yang jumlah keseluruhannya sekitar 14 unit.
Sejak awal mula berdiri, Xpress Air sudah mempercayakan perawatan armada pesawatnya kepada PT Aero Nusantara Indonesia (ANI), yang juga merupakan salah satu pemegang saham dari Xpress Air. Saat ini Xpress Air masuk dalam kategori 2 dalam hal kualitas keamanan penerbangan oleh Otoritas Penerbangan Sipil Indonesia.
Pada September 2013, Xpress Air meluncurkan penerbangan rute internasional yaitu Pontianak-Kuching-Pontianak. Penerbangan ini juga tersedia dari Bandung dengan transit terlebih dahulu di Pontianak. Saat ini, Xpress Air sedang gencar mengembangkan sayapnya ke bagian barat Indonesia, dengan membuka rute-rute ke pulau Sumatera, seperti Bandung-Padang serta Bandung-Palembang.