Maskapai penerbangan ini didirikan pada tanggal 12 Maret 2002 dan memulai operasinya pada Desember 2002. Ini adalah satu-satunya maskapai penerbangan komersial Indonesia yang berkantor pusat di luar Jakarta. Riau Airlines juga merupakan maskapai penerbangan komersial satu-satunya yang dimiliki oleh pemerintah daerah. Saham perusahaan penerbangan ini secara mayoritas dimiliki oleh pemerintah daerah provinsi Riau dan beberapa provinsi lain seperti Lampung, Bangka Belitung dan Bengkulu.
Sebelumnya dibentuk untuk menghubungkan kota-kota di propinsi Riau yang memiliki banyak bandara perintis, hingga saat ini telah memperluas wilayahnya operasinya guna menghubungkan semua kota-kota besar di pulau Sumatera, dan juga melayani rute Jawa, Bali, dan Mataram, NTB, Pulau Flores, NTT. Juga diperluas untuk mengoperasikan penerbangan jalur Internasional yaitu ke Malaysia.
Namun, krisis keuangan muncul di maskapai ini, yang akhirnya memutuskan berhenti operasi pada tahun 2008. Maskapai ini kembali beroperasi pada bulan Januari 2011 ini dengan rute penerbangan Pekanbaru – Tanjung Pinang – Natuna dengan pesawat Boeing 737-500 yang disewa dari PT. Aero Nusantara Indonesia.
Dibawah ini adalah bandar udara tujuan yang dilayani Riau Airlines pada saat penutupannya.
- Rute Domestik :
- Pekanbaru, Bandar Udara Sultan Syarif Kasim II
- Natuna, Bandar Udara Ranai
- Tanjung Pinang, Bandar Udara Internasional Raja Haji Fisabilillah